日本全国知名大学包括但不限于以下这些：
国立大学
东京大学- 世界排名前15，以理科和工科领先。
京都大学- 亚洲排名第2，世界排名前30，学科全面。
东北大学- 世界排名54，以医学、工学、理学著称。
大阪大学- 日本国内排名第三，世界大学五十强。
名古屋大学- 国际一流大学，多个学科领域有较高排名。
北海道大学- 以其广泛的学科和强大的研究能力知名。
九州大学- 日本顶尖综合性研究型国立大学之一。
东京工业大学- 专注于工程技术与自然科学，世界一流的理工科大学。
一桥大学- 以商学和经济学见长。
筑波大学- 以科学技术研究著名。
私立大学
庆应义塾大学- 类似于英国牛津大学，文科和理工科实力平均。
早稻田大学- 日本顶尖私立综合性大学之一。
上智大学- 国际基督教大学 - 以文科和商科教育著称。
明治大学- 历史悠久，学科设置全面。
青山学院大学- 以商学和法学见长。
立教大学- 以社会科学和商科教育著称。
中央大学- 综合实力强，多个学科领域有较高排名。
法政大学- 以法学和商科教育著称。
学习院大学- 日本历史悠久的私立大学之一。
日本大学- 综合实力强，学科设置全面。
以上排名和分类可能随时间和不同评价机构的标准有所变化，请以最新发布的排名信息为准。