圣托马斯大学提供多种本科和研究生专业，以下是一些主要的专业设置：
本科专业
商业与管理
计算机科学
新闻与传媒
生物学
化学
心理学
社会科学
工程学
护理学
音乐学
会计学
药学系
建筑学
教育学
体育教育学
旅游管理学
市场营销
人力资源管理
社会工作
修复科学
食品科技
营养学
图书馆与信息服务
应用物理
微生物学
电子通讯工程
机电工程
工业工程
机械工程
中等教育
小学教育
语言障碍矫正
亚洲研究
行为科学
大众传媒
经济学
新闻学
法律管理
文学
哲学
政治学
社会学
广告艺术
工业设计
室内设计
油画
酒店管理
旅游管理
研究生专业
MBA（包括专业方向如会计、健康管理、国际商务、体育管理、人力资源管理）
金融
社会工作
咨询心理学
软件系统
药学
教育
工程
护理
音乐
会计
商业
管理
市场营销
人力资源管理
社会工作
修复科学
食品科技
营养学
图书馆与信息服务
应用物理
微生物学
电子通讯工程
机电工程
工业工程
机械工程
中等教育
小学教育
语言障碍矫正
亚洲研究
行为科学
大众传媒
经济学
新闻学
法律管理
文学
哲学
政治学
社会学
广告艺术
工业设计
室内设计
油画
酒店管理
旅游管理
圣托马斯大学的专业设置涵盖了广泛的领域，包括艺术、科学、工程、商业、教育、医学等多个学科，为学生提供了丰富的教育选择。