日本心理医学专业的大学排名如下：
东京大学- 心理学专业历史悠久，设有教育心理学和临床心理学课程。
京都大学- 在心理学专业排名中位于上位，有三个不同的心理学专攻方向。
庆应义塾大学- 心理学专业始于1877年，有实验心理学、发展心理学、临床心理学等领域的研究室。
名古屋大学- 日本顶尖的研究型国立综合大学，心理学专业也颇具实力。
九州大学- 顶尖研究型国立综合大学，设有实践临床心理学专业。
筑波大学- 入选日本“超级国际化大学计划（日本SGU）”A类顶尖校，有心理学专业。
以上排名基于不同来源的信息，具体情况可能会有所变动。建议查看最新的教育资源和排名更新以获得最准确的信息