怀远县拥有以下高等教育机构：
怀远开放大学：
原怀远电大，是国家开放大学的学习中心，提供远程开放教育。
安徽怀远师范学校：
简称怀远师范，是安徽省较早成立的师范学校之一，也是蚌埠市重点师范院校。
蚌埠工艺美术学校：
提供工艺美术相关的教育。
安徽科技贸易学校：
涉及科技和贸易领域的教育。
蚌埠科技工程学校：
专注于科技工程方面的教育。
安徽电子工程学校：
提供电子工程方面的教育。
蚌埠商贸学校：
专注于商贸领域的教育。
怀远县中等职业技术学校：
提供中等职业教育。
五河县职业技术学校：
位于五河县，提供中等职业教育。
蚌埠汽车工程学校：
专注于汽车工程方面的教育。
安徽电子信息职业技术学院：
提供电子信息类高等职业教育。
此外，怀远县与中国科学技术大学、南京农业大学、合肥工业大学、江南大学等省内外高校有合作交流。