吉首拥有两所大学，分别是：
吉首大学
简称“吉大”
成立于1958年4月
是国家民族事务委员会与湖南省人民政府省部共建大学
湖南省国内一流学科建设高校
入选多个国家级和省级项目
拥有本科专业78个，硕士点35个，省级重点学科8个
校本部位于湘西自治州首府——吉首市
校区包括砂子坳校区、大田湾校区、医学院校区（石家冲校区）、张家界校区和热水坑校区（新校区，张家界学院独立校区）
湘西民族职业技术学院
是一所专科院校
主要招收部分大专生和中专生
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