1995年教育部发布的大学排名中，清华大学、北京大学和南京大学分别位列前三名。具体排名如下：
1. 清华大学（工科类第一）
2. 北京大学（综合类第一）
3. 南京大学（综合类第二）
其他进入前十名的大学包括：
浙江大学（工科类第二，综合类第四）
西安交通大学（综合类第五）
哈尔滨工业大学（工科类第三）
复旦大学（综合类第六）
华中理工大学（现华中科技大学，综合类第七）
东南大学（综合类第八）
西北工业大学（综合类第十）
这次排名是教育部唯一一次官方发布的大学排名，因此具有一定的权威性和参考价值。排名显示，当时的南京大学在综合类排名中仅次于清华和北大，表现十分亮眼