南沙区未来将有多所高等院校入驻，其中包括但不限于以下几所：
广州科技贸易职业学院：
简称广州科贸学院，是一所公办全日制普通高等职业院校。
广州大学南沙校区：
广州大学在南沙区设立的分校区。
香港科技大学（广州）：
简称“港科大（广州）”，由广州大学与香港科技大学合作筹备设立，2023年开始招收本科生。
中国科学院大学广州校区：
简称国科大广州学院，定位为研究型大学，将培养高端人才并开展前沿科技研究。
广州海洋大学研究生院：
广州海洋大学的研究生教育机构。
此外，还有规划中的其他高等教育机构，如广州交通大学、广东医科大学（海东校区）、广州美术学院（佛山校区）和嘉应学院紫琳学院等本科院校。南沙科学城的发展定位和配套设备预计将吸引更多研究海洋、天空、能源等相关领域的院校进驻，南沙有望成为下一个大学城。