琉球大学的研究生专业包括但不限于以下领域：
人文社会科学研究科
博士前期课程：综合社会系统专业、人间科学专业、国际言语文化专业
博士后期课程：比较地域文化专业
观光科学研究科
博士课程：比较地域文化专业
教育学研究科
修士课程：学校教育专业、特别支援教育专业、临床心理学专业、教课教育专业
医学研究科
修士课程：医科学专业、医学科专业
此外，琉球大学还提供会计学、金融学、电子商业、商业经济学、环球商业管理、人力资源管理、市场学、企业财务监控、学前教育、小学教育、英语研究、葡语研究、日本研究、传播学、经济学、历史学、心理学、计算机科学、土木工程、机电工程等本科及研究生课程。
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