花都区的民办高等教育机构包括：
1. 广东环境保护工程职业学院
成立于2005年，以环境保护为特色的高等职业院校。
2. 广东花城工商高级技工学校
成立于2006年，是一所全日制民办省级重点技工学校。
3. 广东华文航空艺术职业学校
提供航空艺术相关的职业教育。
4. 广东高新技术技工学校
提供高新技术相关的职业教育。
5. 广州工商职业学院
提供工商管理、计算机技术等领域的职业教育。
6. 华南农业大学
位于花都区，是一所综合性高等学府。
7. 广东药科大学
在花都区设有校区，以药学为特色。
8. 广东培正学院
是一所民办普通高等院校，注重实践能力和创新精神培养。
9. 广东第二师范学院花都校区
属于本科院校，校园环境优美，师资力量雄厚。
10. 广州城市理工学院（原华南理工大学广州学院）
是一所多科性应用型大学，以工科为主，协调发展经济、管理、文学、理学、艺术。
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