拥有校旗的大学包括但不限于以下这些：
1. 北京大学
2. 清华大学
3. 人民大学
4. 北京师范大学
5. 北京语言大学
6. 北京外国语大学
7. 复旦大学
8. 厦门大学
9. 南开大学
10. 哈尔滨工程大学
11. 吉林财经大学
12. 西安交通大学
13. 陕西科技大学
14. 东华大学（中国纺织大学）
15. 东北师范大学
16. 深圳大学
17. 四川大学
18. 华南理工大学
19. 华北电力大学
20. 北京体育大学
21. 首都师范大学
22. 北京工业大学
23. 北京建筑大学
24. 首都医科大学
25. 首都经济贸易大学
26. 北京舞蹈学院
27. 北京音乐学院
28. 北京电影学院
29. 中央戏剧学院
30. 北京信息科技大学
31. 北京联合大学
32. 北京城市学院
33. 北京工商大学
34. 北京农学院
35. 北京化工大学
36. 中国政法大学
37. 中国地质大学
38. 对外经济贸易大学
39. 北京林业大学
40. 中国农业大学
41. 北京科技大学
42. 北京物资学院
43. 北京石油化工学院
44. 北京农学院
45. 北京联合大学
46. 北京吉利大学
47. 北京经贸学院
48. 北京舞蹈学院
49. 北京音乐学院
50. 北京电影学院
51. 中央戏剧学院
52. 北京信息科技大学
53. 北京联合大学
54. 北京城市学院
55. 北京工商大学
56. 北京农学院
57. 北京化工大学
58. 中国政法大学
59. 中国地质大学
60. 对外经济贸易大学
61. 北京林业大学
62. 中国农业大学
63. 北京科技大学
64. 北京物资学院
65. 北京石油化工学院
66. 北京农学院
67. 北京联合大学
68. 北京吉利大学
69. 北京经贸学院
以上信息根据最近更新的数据整理而来，但请注意，大学的校旗情况可能会有变动，建议直接咨询相关学校获取最准确的信息