东京上智大学提供的专业非常广泛，主要包括：
本科专业
神学部：神学专业
文学部：哲学专业、历史学专业、日本文学专业、英国文学专业、德国文学专业、法国文学专业、新闻学专业
综合人类科学部：教育学专业、心理学专业、社会学专业、社会福利学专业、护理学专业
法学部：法律专业、国际关系法专业、地球环境法专业
经济学院：经济学专业、经营学专业
外国语学部：英语专业、德语专业、法语专业、西班牙语专业、俄语专业、葡萄牙语专业
综合国际学部：综合国际学科
国际教养学部：国际教养学科
理工学院：物质与生命专业、机能与创造专业、信息与传媒专业
研究生专业
神学研究科：神学专业、组织神学专业
哲学研究科：哲学专业
文学研究科：历史学专业、日本文学专业、英国文学专业、德国文学专业、法国文学专业、新闻学专业、文化交涉学专业
综合人类科学研究科：教育学专业、心理学专业、社会学专业、社会福利学专业、看护学专业
法学研究科：法律专业、法官培训专业
经济学研究科：经济学专业、经营学专业
外语研究生院：语言学专业
全球研究研究生院：国际关系论专业、地区研究专业、国际社会专业
理工学研究生院：理工学专业（包括机械工学系、电气･电子工学系、应用化学系、化学系、数学系、物理学系、生物学系、信息与传媒系）
地球环境研究生院：地球环境专业
上智大学的专业设置涵盖了从人文科学到社会科学，再到理工科的多个领域，特别强调国际化教育和全英语教学，特别是在外语专业、新闻专业、国际教养学部、法学专业等方面享有较高的声誉。