菏泽市的高等院校包括：
菏泽学院
位于山东省菏泽市，是一所全日制普通本科高校。
前身为冀鲁豫区菏泽师范学校，1949年2月创立，1958年7月改建为菏泽师范专科学校，2004年5月，教育部正式批准菏泽学院为普通本科高校。
齐鲁工业大学菏泽校区
齐鲁工业大学菏泽校区是齐鲁工业大学的一个校区，位于山东省菏泽市。
菏泽医学高等专科学校
是一所由山东省人民政府举办的省属公办全日制普通高等专科学校。
前身为1950年经国务院批准建立的平原省卫生学校，1958年更名为菏泽地区医学专科学校，后历经多次更名，1978年定名为菏泽医学专科学校。
菏泽职业学院
是经山东省人民政府批准、国家教育部备案的国办全日制普通高等学校。
菏泽家政职业学院
是一所经山东省人民政府批准、教育部备案的专科层次的公办全日制普通高等职业院校。
学院坐落于山东省菏泽市单县县城，被誉为“中国长寿之乡”。
菏泽技术学院
菏泽市技术学院是一所提供技术教育和培训的学校。
菏泽市交通高级技工学校
专注于交通运输领域的高级技工学校。
曹州武术学校
专注于武术教育的学校。
郓城宋江武术学校
以宋江命名，专注于武术教育。
东明东方武术学校
位于东明县，专注于武术教育。
菏泽音乐学院
专注于音乐教育的高等院校。
菏泽卫生学校
专注于卫生教育的学校。
菏泽卫生预备役学校
结合卫生教育与预备役训练的学校。
巨野武术学校
位于巨野县，专注于武术教育。
巨野县职业中等专业学校
提供中等职业教育的学校。
中原艺校
专注于艺术教育的学校。
菏泽新闻学院
专注于新闻教育的学院。
这些高校和职业学院为菏泽市及其周边地区提供了丰富的高等教育和职业培训资源。