南京最顶尖的三所大学排名如下：
南京大学
全国排名第5名
985工程大学
“双一流”建设高校
学科评估中多个学科获得A级别评分
东南大学
全国排名第17名
985工程大学
“双一流”建设高校
工科强校，特别是建筑学和土木工程
南京航空航天大学
全国排名第36名
211工程大学
“双一流”建设高校
航空航天领域的知名高校
建议：
南京大学在学术实力、学科评估和综合排名上均表现优异，是南京市乃至全国都非常顶尖的大学，尤其是其天文学、地质学、图书情报与档案管理等学科在全国具有很高的声誉。
东南大学在工科领域，特别是建筑学和土木工程方面具有明显优势，同时也在其他学科领域有着不俗的表现。
南京航空航天大学作为航空航天领域的特色高校，其办学特色和优势十分突出，就业前景和薪资待遇也相当可观。
这些排名综合了不同来源的数据，并考虑了各大学的学术实力、学科评估结果和综合声誉。建议学生在选择大学时，可以综合考虑这些因素，选择最适合自己的学校。