在南通市，根据最近的信息，排名前五的顶级大学包括：
南通大学
简称“通大”，是一所由江苏省人民政府和交通运输部共建的综合性大学。
始建于1912年，由私立南通医学专门学校和私立南通纺织专门学校合并组建。
是江苏高水平大学建设高峰计划建设B类高校，拥有硕士和博士学位授予权。
南通理工学院
简称“通理工”，是一所全日制普通本科高校，成立于2000年。
前身为紫琅职业技术学院，2014年升格为本科院校。
南通大学杏林学院
简称“杏林学院”，是一所本科层次独立学院，成立于1999年。
前身为南通医学院杏林学院，2004年随南通大学合并后更名。
以上排名不分先后，具体排名可能会根据不同的评价标准和时间有所变化。