南京的本土大学包括以下几所：
南京大学
东南大学
南京航空航天大学
南京理工大学
南京农业大学
南京师范大学
河海大学
中国药科大学
南京工业大学
南京邮电大学
南京林业大学
南京信息工程大学
南京医科大学
南京中医药大学
南京财经大学
南京审计大学
南京工程学院
南京艺术学院
南京大学金陵学院
中国人民解放军陆军工程大学
东南大学成贤学院
南京航空航天大学金城学院
这些大学中，南京大学和东南大学是985和211高校，也是“双一流”建设高校，在国内具有很高的声誉和学术地位。
建议：
如果希望在学术和科研方面有所建树，南京大学和东南大学是首选。
对于希望在特定领域（如航空、理工、农业等）发展，南京航空航天大学、南京理工大学、南京农业大学和中国药科大学等高校则是很好的选择。
南京师范大学在师范类专业方面具有明显优势，是培养教师的重要基地。
根据个人兴趣和职业规划，可以在这几所大学中做出更适合自己的选择。