1999年成立的一些著名大学包括：
1. 清华大学
2. 北京大学
3. 上海交通大学
4. 中国科学技术大学
5. 南京大学
6. 哈尔滨工业大学
7. 同济大学
8. 西安交通大学
9. 复旦大学
10. 浙江大学
11. 天津大学
12. 武汉大学
13. 华中科技大学
14. 中山大学
15. 四川大学
16. 西北工业大学
17. 南开大学
18. 西南交通大学
19. 郑州大学
20. 华中师范大学
21. 中南财经政法大学
22. 湖北大学
23. 中南民族大学
24. 湖北工业大学
25. 湖北师范大学
这些大学在当时和现在都具有较高的学术声誉和影响力，并在各自的领域做出了重要贡献。