安徽工程大学目前拥有多个硕士专业，包括但不限于以下这些：
1. 马克思主义理论
2. 数学
3. 化学
4. 系统科学
5. 机械工程
6. 材料科学与工程
7. 电气工程
8. 控制科学与工程
9. 纺织科学与工程
10. 环境科学与工程
11. 食品科学与工程
12. 软件工程
13. 生物工程
14. 管理科学与工程
15. 美术学
16. 设计学
17. 金融工程
18. 人工智能
19. 金融
20. 社会工作
21. 体育
22. 翻译
23. 电子信息材料与化工
24. 艺术
此外，安徽工程大学还提供工程硕士、MBA（工商管理硕士）、MPA（公共管理硕士）等专业学位。