雅典大学目前拥有多个学院和系，以下是部分主要学院及其下属的系：
1. 神学院
神学系
牧师神学系
2. 法律、经济、政治学院
法律系
经济学系
政治公共管理系
3. 卫生学院
医学系（附设大学医院）
牙科学系
药学系
护理学系
4. 艺术学院
希腊语言文学系
历史与考古学系
哲学、教育与心理学系
英国语言文学系
法国语言文学系
外国文化系
5. 独立的系
体育与体育教育系
小学教育系
学前教育系
家政系
戏剧研究系
大众传播系
音乐系
雅典大学还提供研究生课程，并在多个学科门类中设有博士学位授予点。