大学书院制作为一种教育模式，虽然有其独特的优点，但也存在一些缺点，主要包括：
学术固化：
书院制度的教育内容和教学方法可能较为古老，缺乏创新性和现代性。
实践技能不足：
与现代职业教育和实用性更强的高等教育相比，书院制可能使学生缺乏实践技能和就业知识。
社会互动缺乏：
书院制度可能使学生缺少与社会的互动和关注，无法解决社会的实际问题和关键问题。
结构问题：
传统书院制度的课程体系和课程设置比较单一，无法满足现代对高素质人才的需求。
管理方式落后：
书院的组织结构和管理方式可能落后，影响其对现代社会的适应性和竞争力。
宿舍问题：
书院制中不同专业、不同年级的学生住在一起可能产生摩擦，专业问题难以交流，影响寝室关系。
活动设施不足：
书院制可能缺少必要的教育和活动设施，影响学生全面发展。
职责分工不明确：
书院与学院之间职责分工可能不明确，影响教育效果。
辅导员服务难度：
大数据时代下，辅导员精准化服务可能面临较大挑战。
参与方积极性有限：
书院制中联合项目容易被学生所在院系吸收，其他参与方存在感较弱。
以上是大学书院制存在的一些主要缺点。