旧金山地区知名的大学包括：
加州大学旧金山分校 （University of California, San Francisco, UCSF）
专注于健康和生命科学，以医学和生命科学而闻名。
圣塔克拉拉大学 （Santa Clara University, SCU）
私立天主教大学，位于加州圣塔克拉拉市，是湾区历史悠久的大学，也是美国西海岸的明星学府。
旧金山大学 （University of San Francisco, USF）
位于旧金山市，是一所知名的高等教育机构。
斯坦福大学 （Stanford University）
位于加州帕洛阿尔托市，是一所享有世界声誉的私立研究型大学。
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