喀什大学共设有 三个校区，分别是 高台区、新泉区、东城区。
高台校区：是喀什大学最早建成的校区，建筑风格以中式建筑为主，环境清幽，景色优美。北校区中心大楼为学校行政部门，内设有教学楼、图书馆、实验室、宿舍楼和餐厅等设施，能够满足学生的各种需求。
新泉校区：是在2011年新建的一个校区，距离市区较近，也是学校最为现代化的校区之一。校园环境优美，教学设施齐全，除了有教学楼和实验室，还有多个运动场和篮球场等体育设施。
东城校区：是学校在最近几年新建成的最新校区，内设有多个教学楼、图书馆、实验室和学生宿舍等基础设施。