南京拥有临床硕士专业学位授予权的大学包括：
南京大学医学院：
成立于1935年，提供包括内科学、儿科学、神经病学等多个研究方向的临床硕士课程。
东南大学医学院：
同样成立于1935年，以临床医学、基础医学、预防医学为重点，培养具备实践能力的专业人才。
南京医科大学：
创建于1934年，是江苏省属重点高校，提供全日制临床医学硕士专业学位，注重实际操作能力的培养。
南京中医药大学：
虽然以中医药专业著称，但也提供临床医学专业的硕士招生，其中包括中医内科学等博士学位授予专业。
以上信息基于最近的数据更新，具体招生情况请参考各大学的官方招生公告或联系学校研究生招生办公室获取最新信息