清朝时期北京的高等学府包括：
京师大学堂：
成立于1898年，是中国第一所国立大学，也是北京大学的前身。最初位于北京市东城区马神庙街，后改名为北京大学。
北洋大学堂：
成立于1895年，是中国近代第一所大学，也是天津大学的前身。
清华学堂：
成立于1911年，是清华大学的前身，1912年更名为清华学校，1928年更名为国立清华大学，1949年改名为清华大学。
交通大学：
发端于1896年，是中国最早的几所大学之一，包括上海交通大学、北京交通大学和西南交通大学。
这些学府在中国教育史上具有重要意义，并对中国近代教育产生了深远影响