日本最好的国立大学排名如下：
东京大学
简称：东大（The University of Tokyo）
创办时间：1877年
位置：日本东京都文京区
特点：日本最高学术殿堂，七所旧帝国大学之首，全球享有极高声誉。
京都大学
简称：京大（Kyoto University）
创办时间：1897年
位置：日本京都市左京区
特点：日本顶尖综合研究型大学，全球享有极高声誉，被誉为“科学家的摇篮”。
大阪大学
简称：阪大（Osaka University）
创办时间：1931年
位置：日本大阪府吹田市
特点：日本规模较大的国立大学，近畿地区较高学府之一。
东京工业大学
简称：东工大（Tokyo Institute of Technology）
创办时间：1881年
位置：日本东京都目黑区与横浜市绿区
特点：工程技术与自然科学研究为主的世界一流理工大学之一。
东北大学
位置：日本宫城县仙台市
特点：日本著名的国立大学，科研实力强，教学质量高。
名古屋大学
位置：日本名古屋市
特点：日本顶尖的综合性国立大学之一。
九州大学
位置：日本福冈市
特点：日本历史悠久的综合性国立大学。
北海道大学
位置：日本北海道札幌市
特点：日本顶尖的研究型综合大学，科研实力和教学质量均名列前茅。
庆应义塾大学
特点：日本历史悠久的私立大学，但在国立大学中也有很高的排名。
早稻田大学
特点：日本历史悠久的私立大学，同样在国立大学排名中表现优异。
以上排名根据不同的评价体系和时间可能有所变化，但东京大学、京都大学和大阪大学通常被认为是日本最好的国立大学