南沙市新建的高等院校包括：
香港科技大学（广州），简称“港科大（广州）”，由广州大学与香港科技大学合作筹备设立，2023年开始招收本科生，首批招收专业包括人工智能、数据科学与大数据技术、智能制造工程。
中国科学院大学广州学院，简称“国科大广州学院”，是中国科学院在广州南沙区设立的高等教育机构，定位为广州南沙科学城的核心区，旨在成为粤港澳大湾区前沿科学研究和高技术应用的人才高地和创新高地。
广州科技贸易职业学院（南沙校区），简称广州科贸学院，由广州市科学技术协会于1984年创办，是经广东省人民政府批准、教育部备案的广州市属公办全日制普通高等职业院校。根据规划，该学院位于灵新大道以东、十三涌以北，占地面积约390亩，办学层次为中职院校。
此外，南沙区还在建设其他本科院校，如广州交通大学、广东医科大学（海东校区）、广州美术学院（佛山校区）、嘉应学院紫琳学院等。