清朝时期，官办高等教育机构主要包括以下几所：
国立北京大学 （原名京师大学堂）：成立于1898年，是中国近代第一所国立大学，标志着中国近代国立高等教育的开端。国立北洋大学
（原名北洋西学学堂）：成立于1895年，是中国第一所近代大学，后更名为北洋大学堂，即现在的天津大学。
福建船政学堂：
成立于1866年，是清朝船政大臣沈葆祯在福建福州马尾港设立的海军学院，专门培训海军人才。
陆军贵胄学堂：
成立于光绪三十四年（1908年），是培养高级军事人才的学校。
北洋水师学堂：
成立于1881年，按照李鸿章的要求成立，专门培养海军技术人才。
北洋武备学堂：
成立于1884年，由李鸿章在天津创办，按照德国标准培训，为现代军队教育开创了先例。
这些学堂在当时为中国的现代化教育和人才培养做出了重要贡献。