南浔区的大学包括：
浙江水利水电学院南浔校区：
这是一所工科类应用型本科高校，由浙江省水利厅与浙江省教育厅共同管理，是浙江省唯一一所以水利水电为特色的本科院校。
湖州师范学院：
提供多种学科的教育和研究。
湖州学院：
提供高等教育和培训。
浙江工业大学莫干山校区：
属于浙江工业大学的校区之一，提供工程类教育。
浙江同济科技职业学院：
这是一所全日制高等职业学院，以水利水电、建筑艺术类专业为特色，培养生产、建设、管理一线需要的高端技能型专门人才。
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