日本最强的大学通常根据不同的排名标准和时间有所变化，但以下是一些在日本乃至国际上享有盛誉的顶尖大学：
东京大学
日本最古老的综合性大学，也是世界上最重要的学术机构之一。
在多个国际大学排名中名列前茅，如QS世界大学排名和ARWU世界大学学术排名。
京都大学
日本第二古老的帝国大学，以独立思考和判断能力培养著称。
在科学研究方面享有极高的国际声誉，培养了多位诺贝尔奖得主。
东京工业大学
日本顶尖的理工科大学，以工程技术与自然科学研究闻名。
在全球大学就业能力排行榜中位列前茅。
大阪大学
世界级的综合型高校，专业设置广泛，以务实学风著称。
早稻田大学
日本私立大学中的佼佼者，以国际化程度高和与众多国际名校有交流合作著称。
庆应义塾大学
日本私立大学中的另一所顶尖院校，以培养企业领袖著称。
名古屋大学
历史悠久的帝国大学之一，以科学研究标准高著称。
九州大学
日本第四古老的大学，以衡量国际研究网络的指标上取得高分著称。
北海道大学
日本第一所获得学士学位的高等教育机构，以农业、理科等领域的研究著称。
神户大学
日本顶尖的研究型公立大学，以商科教育著称。
以上排名可能会随着时间和不同排名机构的评价标准有所变化，但以上列举的大学在日本乃至全球都享有很高的声誉