截至2024年，厦门大学的学院包括：
人文学院：
设有中文系、历史系、哲学系、人类学与民族学系等系所。
外文学院：
包括英语、日语、法语、俄语、德语等本科专业，以及英语语言文学、日语语言文学、法语语言文学、外国语言学及应用语言学等硕士点，英语语言文学博士点。
新闻传播学院：
有新闻学系、广告学系两个系，传播研究所、品牌与广告研究所两个研究所。
法学院：
拥有法学学科博士后流动站，是法律硕士专业学位（JM）全国试点单位之一。
公共事务学院：
设有公共管理硕士（MPA）专业学位、政治学与行政学、行政管理、社会学、社会工作等本科专业。
国际关系学院：
有国际政治专业。
经济学院：
涵盖经济学、财政学、税务、网络经济学、金融学、金融工程、保险、统计、信息管理与信息系统、国际经贸、市场营销等专业。
管理学院：
包括经济学、管理学、法学等多个学科。
理学院：
涵盖数学、物理、化学、生物等学科。
物理与机电工程学院：
包括机械工程、机械设计制造及其自动化、材料成型及控制工程、工业设计、车辆工程、测控技术与仪器等专业。
化学化工学院：
包括生物技术、化学工程与工艺、环境工程、环境科学、环境生态工程、生物工程等专业。
材料学院：
涵盖材料科学相关专业。
生命科学学院：
包括生物学、生态学等专业。
海洋与环境学院：
涵盖海洋科学、环境科学相关专业。
信息科学与技术学院：
包括计算机科学与技术、软件工程、网络工程等专业。
软件学院：
专注于软件工程及相关领域。
医学院：
涵盖医学相关专业。
建筑与土木工程学院：
包括建筑学、城乡规划、风景园林、土木工程、城市地下空间工程、给排水科学与工程、工程管理、机械工程、机械设计制造及其自动化、材料成型及控制工程、工业设计、车辆工程、测控技术与仪器等专业。
南洋研究院、 台湾研究院、 教育研究院、 马列主义理论教学部、 海外教育学院、 国际关系学院、 国学研究院、 王亚南经济研究院、 海洋与海岸带发展研究院等研究院所。
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