重庆大学排名靠后的原因可以从以下几个方面进行分析：
学科建设表现不佳
在2017年全国第四轮学科评估中，重庆大学仅有机械工程、仪器科学与技术和电气工程获评A-等级，而其余学科均为B、C类学科。相比之下，一些985高校如中国海洋大学则拥有水产和海洋科学两个A+学科。这表明重庆大学在学科建设和实力上存在明显的差距。
拨款较少不受重视
重庆大学在2020年的部门预算为200,466.30万元，而西南大学为222,883.56万元。尽管重庆大学和西南大学分别是重庆市排名第一和第二的高校，但重庆大学的财政拨款较少，意味着它在资金支持和实验室建设方面相对较弱，这也会限制其发展。
报考热度较低
重庆大学的录取分数线虽然不低，但在985高校中分数不算很高，说明其在受欢迎程度和认可度方面相对较低。报考的热度在一定程度上反映着学校的实力，因此重庆大学在实力提升上仍有很大的努力空间。
高端人才引进不足
重庆大学在高端人才引进方面没有取得较好的进展，新工科布局方面也显得不足。目前，学校仅有八名两院院士（不含外籍院士），仅有16位国家杰出青年基金获得者，这些顶尖人才数据在985高校里面逐步落后。
历史积淀和师资力量不足
重庆交通大学作为一所新兴高校，历史悠久相对较短，缺乏深厚的学术积淀。此外，尽管学校鼓励教师进修学习，但由于地理位置等因素的影响，其师资力量相对不足，吸引外籍教师等国际教育资源也有待加强。
地域和形象问题
部分原因可能来自于地域和形象问题。重庆人可能会因为城市发展的好而自豪，但在教育方面，重庆大学与川大、成电、武大、东南大学等高校相比，存在明显的落差。此外，重庆大学在重庆的录取分数线较低，导致生源质量不高，进一步影响毕业生的质量和收入。
综上所述，重庆大学排名靠后的原因主要包括学科建设表现不佳、拨款较少不受重视、报考热度较低、高端人才引进不足、历史积淀和师资力量不足以及地域和形象问题。尽管如此，重庆大学仍在积极探索提升自身学术品质，未来其排名有望进一步提升。