国防大学内部部门主要包括以下几类：
1. 行政管理机构：
训练部
政治部
校务部
科研部
2. 教学科研机构：
战略教研部
战役教研部
马克思主义教研部
信息作战与指挥训练教研部
军队建设与军队政治工作教研部
军事后勤与军事科技装备教研部
3. 学员管理机构：
国防研究系（后更名为国防安全学院）
基本一系（后更名为联合指挥与参谋学院）
基本二系（后更名为进修学院）
进修系（后更名为进修学院）
4. 其他学院：
军事文化学院
联合作战学院
政治学院
国家安全学院
联合勤务学院
军事管理学院
研究生院
国际防务学院
这些部门共同构成了国防大学的组织架构，负责学校的教学、科研和行政管理工作。