清迈大学的硕士专业十分丰富，涵盖了多个领域，包括但不限于：
可持续发展
应用物理学
农业系统
环境科学
健康科学
地质学
食品加工技术
兽医学
护理管理
社会学与妇女与性别研究
经济学
石油地球物理学
采矿工程
生物医学工程
物流工程和供应链管理（双硕士学位，合作大学：马格德堡大学，德国）
农业系统管理
可持续农业和综合流域管理（合作办学，合作大学：霍恩海姆大学，德国）
建筑学
食物科学技术
寄生虫学
护理科学
兽医公共卫生
协同健康（双硕士，合作大学：明尼苏达大学，美国）
清迈大学还提供授课型和研究型两种研究生专业类型，以适应不同学生的需求。