新疆本土高校包括以下几所：
1. 新疆大学，位于乌鲁木齐市，是本科公办高校。
2. 塔里木大学，位于阿拉尔市，是本科公办高校。
3. 新疆农业大学，位于乌鲁木齐市，是本科公办高校。
4. 石河子大学，位于石河子市，是本科公办高校。
5. 新疆医科大学，位于乌鲁木齐市，是本科公办高校。
6. 新疆师范大学，位于乌鲁木齐市，是本科公办高校。
7. 喀什大学，位于喀什市，是本科公办高校。
8. 新疆艺术学院，位于乌鲁木齐市，是本科公办高校。
9. 新疆科技学院，位于库尔勒市，是本科公办高校。
10. 新疆工程学院，位于乌鲁木齐市，是本科公办高校。
11. 昌吉学院，位于昌吉回族自治州，是本科公办高校。
12. 伊犁师范大学，位于伊犁哈萨克自治州，是本科公办高校。
13. 新疆财经大学，位于乌鲁木齐市，是本科公办高校。
14. 新疆和田学院，位于和田地区，是本科公办高校。
建议：
新疆有多所优秀的本土高校，涵盖了工、理、文、经、管、法、教育、艺术等多个学科门类。建议学生在选择高校时，可以根据自己的兴趣和专业需求，综合考虑学校的地理位置、学科优势、教学质量等因素。