纽约曼哈顿区拥有众多著名的大学，以下是部分知名大学列表：
哥伦比亚大学 （Columbia University）
地址：位于曼哈顿上城的116号街和百老汇大街。
特色：成立于1754年，是常春藤联盟成员，以文学、法律、医学、工程和商科等领域著称。
纽约大学 （New York University）
地址：位于曼哈顿格林威治村（Greenwich Village）的华盛顿广场校区。
特色：成立于1831年，是美国最大的私立大学之一，以艺术类专业、商学、法学、传媒学等专业著称。
曼哈顿音乐学院 （Manhattan School of Music）
地址：位于120 Claremont Avenue。
特色：专注于音乐教育，为全球音乐爱好者提供专业培训。
巴鲁克学院 （Bernard M. Baruch College, CUNY）
地址：位于曼哈顿熨斗区。
特色：以商科著名的公立大学，属于纽约市立大学（CUNY）成员。
康奈尔大学 （Cornell University）
地址：位于纽约州伊萨卡。
特色：成立于1865年，是常春藤联盟中唯一包含公立和私立学院的大学。
巴纳德学院 （Barnard College）
地址：位于曼哈顿，与哥伦比亚大学合并。
特色：知名女子文理学院，致力于女性教育的培养与研究。
福特汉姆大学 （Fordham University）
地址：位于曼哈顿。
圣约翰大学-曼哈顿校区 （St. John's University - Manhattan Campus）
地址：位于曼哈顿。
视觉艺术学院 （School of Visual Arts）
地址：位于曼哈顿。
纽约公共图书馆 （New York Public Library）
地址：位于曼哈顿。
道尔顿学校 （The Dalton School）
地址：位于曼哈顿。
佩斯大学 （Pace University）
地址：位于曼哈顿下城区。
茱莉亚音乐学院 （The Juilliard School）
地址：位于曼哈顿。
这些大学中，哥伦比亚大学和纽约大学尤为著名，并且在全球享有极高的声誉。