南通大学的王牌专业包括：
国家级一流本科专业
学前教育
生物科学
应用心理学
交通设备与控制工程
行政管理
视觉传达设计
省级一流本科专业
历史学
物理学
电子科学与技术
医学影像学
口腔医学
药学
会计学
翻译
化学
地理信息科学
应用统计学
测控技术与仪器
软件工程
音乐学
工程管理
国家级特色专业
临床医学
电气工程及其自动化
英语
汉语言文学
预防医学
省级品牌专业
临床医学
电子信息工程
电气工程及其自动化
小学教育
汉语言文学
其他王牌专业
自动化
机械工程及自动化
体育教育
电子信息工程
医学影像学
思想政治教育
历史学
重点学科
人体解剖与组织胚胎学（国家重点学科培育建设点）
基础医学（省高校优势学科）
新能源及其装备（省高校优势学科）
基础医学、信息与通信工程、临床医学、中国语言文学、特种医学、美术学（省一级学科重点学科）
请注意，王牌专业的信息可能会随着时间和学校政策的变化而更新，建议参考最新的官方发布信息