台南大学目前设有以下学院和系所：
教育学院
教育学系
特殊教育学系
重度障碍研究所
辅助科技研究所
幼儿教育学系
体育学系
谘商与辅导学系
教育经营与管理研究所
测验统计研究所
人文与社会学院
国语文学系
英语学系（含进修学士班）
行政管理学系
文化与自然资源学系
台湾文化研究所
理工学院
应用数学系
经营与管理学系
电机工程学系
资讯工程学系
机电系统工程研究所
数位学习科技学系
材料科学系
环境与生态学院
绿色能源科技学系
生态科学与技术学系
生物科技学系
艺术学院
音乐学系
美术学系
戏剧创作与应用学系
动画媒体设计研究所
以上信息根据最近更新的资料整理而来，具体课程设置可能会有变动，建议直接咨询台南大学获取最新信息