北京拥有历史系的大学包括：
北京大学：
历史悠久，是中国历史学科的重要基地之一，研究方向广泛，包括中国古代史、中国近现代史、世界史等。
清华大学：
虽然历史系相对年轻，但发展迅速，成为国内外知名的历史学研究和教学机构。
中国人民大学：
历史学院是中国历史学科的重要教学和研究中心之一，研究方向包括中国古代史、中国近现代史、世界史、历史文献学等。
北京师范大学：
历史学科是该校最早形成的系科之一，历史悠久，拥有丰富的教学资源。
首都师范大学：
历史学院下设多个学系，包括历史学系、考古学与博物馆学系等，提供多个本科专业和硕士、博士学位授权点。
中央民族大学：
历史文化学院是中国历史学科的重要教学和研究机构之一，研究方向涵盖中国古代史、中国近现代史、世界史、历史文献学等。
北京联合大学：
历史系是中国历史学科的重要教学和研究机构之一，研究方向包括中国古代史、中国近现代史、世界史、历史文献学等。
对外经济贸易大学：
也设有历史学相关专业。
以上信息根据最近更新的数据整理而来，具体情况请参考各大学的官方网站或咨询相关部门