青海大学目前设有多个二级学院，包括：
1. 医学院
2. 农牧学院
3. 化工学院
4. 财经学院
5. 机械工程学院
6. 水利电力学院
7. 土木工程学院
8. 生态环境工程学院
9. 马克思主义学院
10. 青海农林科学院
11. 畜牧兽医科学院
12. 青海大学附属医院
13. 青海大学职业技术学院
14. 成人继续教育学院
15. 青海大学昆仑学院
16. 藏医学院
17. 地质工程系
18. 计算机技术与应用系
19. 基础部
20. 体育部
这些学院涵盖了广泛的学科领域，包括医学、农学、工学、理学、管理学和文学等，共有61个本科专业和34个专科专业。