神户大学设有以下学科门类：
1. 文学部（人文学科）
2. 国际文化学部（国际文化学科）
3. 发达科学部（人类形成学科、人类行动学科、人类表现学科、人类环境学科）
4. 法学部（法律学科）
5. 经济学部（经济学科）
6. 经营学部（经营学科）
7. 理学部（数学科、物理学科、化学科、生物学科、地球行星科学科）
8. 医学部（医学科、保健学科）
9. 工学部（建筑学科、市民工学科、电气电子工学科、机械工学科、应用化学科、情报智能工学科）
10. 农学部（食料环境系统学科、资源生命科学科、生命机能科学科）
11. 海洋科学部（海洋技术经营管理学科、海洋物流科学科、海洋工学技术学科）
大学院设有：
人文学研究科
国际文化学研究科
人类发达环境学研究科
法学研究科
经济学研究科
经营学研究科
理学研究科
医学研究科
保健学研究科
工学研究科
农学研究科
海事科学研究科
国际协力研究科
神户大学是日本一所历史悠久的综合性国立大学，以经营学和法学尤为著名，并在国际文化学、海洋科学等领域具有强大的研究能力