日本顶尖的大学包括：
东京大学
综合实力在日本排名第一，拥有多个学科门类和强大的学术影响力。
2016年CWUR世界大学排名中名列世界第13位，日本第1位。
京都大学
综合研究型国立大学，是日本文部科学省超级国际化大学计划A类顶尖校。
2024年泰晤士高等教育世界大学排名中跻身全球前55名。
北海道大学
拥有最大的校园面积，以农学研究科起家，后开设多个专业。
大阪大学
日本顶尖的综合性国立大学之一，在多个学科领域具有很高的学术地位。
名古屋大学
日本著名的综合性国立大学，在科学研究方面享有盛誉。
一桥大学
专注于人文及社会科学领域的小规模精英大学，商科在日本排名靠前。
早稻田大学
国际学生众多，致力于培养全球公民，是日本国际学生的聚集地。
九州大学
被评为全亚洲排名前20的学校，以及研究机构排名前10的大学。
庆应义塾大学
私立大学，重视协作和实践科学，以英语授课著称。
神户大学
日本关西地区一流国立大学，经济学和经营学领域评价极高。
以上排名基于不同评价体系和时间，实际情况可能有所变化。