东南亚拥有众多知名大学的城市包括：
泰国曼谷：
作为泰国的首都和最大城市，曼谷拥有多所知名高校，包括朱拉隆功大学（Chulalongkorn University）。
马来西亚吉隆坡：
吉隆坡是马来西亚的首都兼最大城市，拥有马来亚大学、马来西亚国防大学、玛莎大学、思特雅大学和拉曼大学学院等。
马来西亚槟城：
槟城是马来西亚的一个州属，拥有马来西亚理科大学、玛拉工艺大学槟城分院、拉曼大学学院槟城分院和浮罗山背理工学院等。
马来西亚柔佛：
柔佛州的首府新山有一些著名的大学，如马来西亚理工大学、马来西亚敦胡先翁大学、苏丹依布拉欣理工学院和新山都会理工学院。
马来西亚雪兰莪：
雪兰莪州内有马来西亚国立大学、马来西亚博特拉大学、玛拉工艺大学、泰莱大学等。
菲律宾马尼拉：
马尼拉是菲律宾的首都，拥有菲律宾马尼拉大学和圣托马斯大学等重要教育机构。
菲律宾奎松城：
奎松城是菲律宾最大、人口最多的城市之一，拥有菲律宾大学系统的旗舰大学和马尼拉雅典耀大学。
新加坡：
新加坡有两所世界顶尖大学，即新加坡国立大学和新加坡南洋理工大学。
泰国清迈：
清迈大学在泰国高校中排名第三，亚洲地区高校排名前100，是一所综合实力很强的国际化高等教育学府。
这些城市不仅拥有众多知名大学，而且各自具有独特的文化、经济和教育特色。建议根据个人兴趣和学术目标选择适合的城市和大学进行深入研究。