日本大学王牌专业的排名如下：
东京大学
医学部
法学部
理学部
经济学部
京都大学
理工科
经济学科
法学科
大阪大学
基础工学
人际学和社会学
医学部
东北大学
理工农医类专业
特别是金属材料专业
东京工业大学
工程技术与自然科学研究
东京科学大学
理工学领域，包括理学院、工学院等
东京医科齿科大学
齿科学（世界排名第三，日本排名第一）
会津大学
电力电子工程和计算机科学领域
北里大学
医药学研究
以上排名基于不同时间点的发布信息，具体情况可能会有所变化。选择专业时，建议结合个人兴趣和职业规划进行综合考虑。