清华大学作为一所综合性大学，其医学部及相关附属医院拥有多个科室。以下是清华大学医学部及其附属医院的主要科室：
清华大学玉泉医院
内科部：包括呼吸与危重症医学科、肾脏内科、血液内科、内分泌与代谢科、风湿免疫科、感染性疾病科、精神心理科等。
外科部：包括血管外科、胸腔外科、泌尿外科、肿瘤外科、疼痛科、麻醉科等。
妇儿部：包括妇产科、儿科、儿外科等。
专科部：包括耳鼻咽喉头颈外科、康复医学科、口腔科等。
急重症部：包括普内科、急诊科、重症医学科等。
医技部：包括病理科、放射诊断科、放射治疗科、超声科、核医科、检验科等。
清华大学长庚医院
肝胆胰中心：包括肝胆胰外科、肝胆内科、肝胆肿瘤科、肝脏ICU、肝移植科等。
神经中心：包括神经内科等。
心血管中心：包括心血管内科、心脏外科等。
骨科与运动医学中心：包括脊柱外科、关节外科、创伤骨科、膝关节外科等。
消化中心：包括消化内科、胃肠外科等。
眼科中心：包括眼科等。
内科部：包括呼吸与危重症医学科、肾脏内科、血液内科、内分泌与代谢科、风湿免疫科、感染性疾病科、精神心理科等。
外科部：包括血管外科、胸腔外科、泌尿外科、肿瘤外科、疼痛科、麻醉科等。
妇儿部：包括妇产科、儿科、儿外科等。
专科部：包括耳鼻咽喉头颈外科、康复医学科、口腔科等。
急重症部：包括普内科、急诊科、重症医学科等。
医技部：包括病理科、放射诊断科、放射治疗科、超声科、核医科、检验科等。
清华大学医学部
涵盖了基础医学、临床医学、口腔医学、公共卫生与预防医学、药学、护理学等多个学科。
这些科室的设置体现了清华大学在医学领域的全面性和综合性，涵盖了从基础到临床的各个医学领域，并在一些特色科室如器官移植、神经科学、心血管病等方面具有显著优势。