内蒙古大学至今已有3位校友当选为中国科学院院士或中国工程院院士。他们是：
1. 旭日干院士 - 毕业于内蒙古大学生命科学学院生物系，曾任内蒙古大学校长，现任中国工程院农业、轻纺与环境工程学部主任。
2. 刘耀院士 - 毕业于内蒙古大学化学化工学院化学系，现任公安部物证鉴定中心研究员，2001年当选为中国工程院院士。
3. 张杰院士 - 毕业于内蒙古大学理工学院物理系，现任中国科学院物理研究所研究员和中国科学院基础科学局局长，2003年当选为中国科学院院士。
此外，内蒙古大学历史上还有3位院士曾在该校工作，他们是李继侗院士、李博院士和旭日干院士。