莫纳什大学拥有多个王牌专业，这些专业在全球范围内享有盛誉，并在各自的领域处于领先地位。以下是莫纳什大学的一些王牌专业：
医学领域
药学
护理学
临床学
解剖学
商科领域
会计金融
酒店管理
商务经济
工科领域
化学工程
工程技术
其他专业
教育学
法学
计算机与信息科学
药剂与药理学（全球第2位）
莫纳什大学的商学院是澳大利亚规模最大的商学院之一，并且获得了AACSB, EQUIS和AMBA三大认证。工程学院也是澳大利亚规模最大的工程学院之一，并在IT技术专业排名中位于世界前50。此外，莫纳什大学的教育专业也具有世界领先的教育水平。