截至2024年，集美大学的硕士研究生设置如下：
一级学科硕士点（9个，覆盖56个硕士二级点）：
水产学
生物学
食品科学与工程
交通运输工程
船舶与海洋
体育学
应用经济学
数学
中国语言文学
硕士专业学位点（4个，涵盖30个硕士专业学位领域）：
农业推广硕士
工程硕士
教育硕士
税务硕士
建议：
水产学和 食品科学与工程是集美大学的优势学科，具有较高的教学和科研实力，建议优先考虑。
体育学和 应用经济学也是省级重点学科，具有较好的学术氛围和实践机会。
工程硕士和 教育硕士等专业硕士项目，适合希望从事实际应用和管理工作的学生。