波士顿大学提供多个硕士专业，涵盖广泛的学术领域。以下是一些主要的硕士专业：
商学院
工商管理（MBA）
会计（MSA）
金融（MSF）
国际关系（MSIM）
信息技术（MSIT）
工程学院
计算机工程
电气工程
机械工程
制造工程
材料科学与工程
环境工程
土木工程
地理信息系统（GIS）
建筑工程
工程科学
工程物理
工程生物学
工程化学
工程数学
工程系统
文理学院
生物学
化学
经济学
地球科学
英语
历史
政治科学
心理学
哲学
社会学
考古学
艺术史
天文学
认知和神经系统（研究生项目）
古典学
现代外语语言和文学
音乐
物理
政治科学
地域学
社会工作
特殊教育
宗教研究
非洲研究
美国和新英格兰研究
生物信息学
生物化学
环境科学
语言学和应用语言学
妇女研究
大众传播学院
广告
广播新闻
电影
大众传播
图片新闻
公共关系
科学新闻
电视学
教育学院
双语教育
聋语教育
早期儿童教育
初等教育
英语教育
现代外语教育
历史和社会科学教育
数学和历史教育
科学教育
咨询心理学
课程和教学
发展教育
人类发展和教育
文学和语言
传媒和技术教育
英语和语言教育
健康教育
人力资源教育
国际教育发展
拉丁和古典人类
教学文学硕士
政策、计划和管理
高等教育管理
社区代理教育管理
体育心理学
教授英语为第二语言（TESOL）
航天工程
生物医学工程
计算机系统工程
电子工程
制造业工程
机械工程
综合工程
全球制造
光子学
管理学院
金融会计[