关于“大学最牛的指数”这一说法，可以从不同角度和不同评价标准来衡量。以下是几种不同指数的排名情况：
大学质量实力指数
2019年全国部分大学质量实力排名中，南京大学以100.00分位居第一。
自然指数
2022年6月1日至2023年5月31日的年度时间范围内，中国各大高校和科研机构获得的自然指数中，中国科学技术大学位居全球第二名，自然指数为655.23。
综合指数
2024年福建综合实力最强的十大高校中，厦门大学的综合指数为86.0。
2024年河南综合实力最强的十大高校中，郑州大学的综合指数为85.9。
2024年四川综合实力最强的十大高校中，四川大学的综合指数为85.5。
创新指数
2023年中国大学创新指数前十强中，清华大学和北京大学并列第一名，创新指数等级为A+。
从以上不同评价标准来看，若以“最牛”为衡量标准， 清华大学和北京大学在多个评价中均表现突出，可以认为它们在不同指数中均处于领先地位。具体排名如下：
清华大学在自然指数和创新指数中均位居第一名。
北京大学在自然指数和创新指数中均位居第二名。
因此，从综合多个评价标准来看，清华大学和北京大学可以被认为是“最牛”的大学，具体排名不分先后。