吉首大学最好的专业包括：
软件工程：
投档线为539分，排名前三。该专业培养学生在软件开发、软件测试、项目管理等方面的能力，学习编程语言、软件工程原理、软件测试方法等课程。
临床医学：
投档线为539分，排名第二。该专业学生主要学习医学方面的基础理论和基本知识，具有对人类疾病的病因、发病机制作出分类鉴别的能力。
电子信息工程：
投档线为537分，排名第三。该专业培养学生在电子技术和信息系统方面的能力。
通信工程：
投档线为536分，排名第四。该专业学生主要学习通信系统和通信网络的基本原理、设计、开发和维护。
统计学：
投档线为532分，排名第五。该专业培养学生掌握统计学的基本理论和方法，具备数据处理和统计分析的能力。
机械设计制造及其自动化：
投档线为532分，排名第六。该专业培养学生在机械制造、设计、自动化等方面的能力。
金融工程：
投档线为526分，排名第七。该专业培养学生掌握金融学的基本理论和方法，具备金融分析和风险管理的能力。
物理学（师范类）：
投档线为526分，排名第八。该专业培养学生在物理学方面的基本理论和实验技能，适合从事教育行业。
生物科学（师范类）：
投档线为526分，排名第九。该专业是国家级特色专业，拥有博士点和硕士点，培养学生掌握生物学的基本理论和实验技能，适合从事教育和科研行业。
土木工程：
投档线为524分，排名第十。该专业培养学生掌握土木工程的基本理论和技能，适合从事建筑、交通等行业。
建议：
软件工程和 临床医学是吉首大学的王牌专业，投档线较高，就业前景广阔。
电子信息工程、 通信工程、 统计学、 机械设计制造及其自动化、 金融工程、 物理学（师范类）、 生物科学（师范类）和 土木工程也是吉首大学的重要专业，具有较高的投档线和就业竞争力。
根据个人兴趣和职业规划，可以选择以上专业进行深入学习。