南京医科大学的专业设置包括：
临床医学 ：培养具备基础医学和临床医学的基本理论和医疗预防的基本技能，能在医疗卫生单位、医学科研等部门从事医疗及预防、医学科研等方面工作的高级专门人才。口腔医学：
培养具备基础医学、临床医学和口腔医学的基本理论和医疗预防的基本技能，能在医疗卫生单位、医学科研等部门从事口腔医疗及预防、医学科研等方面工作的高级专门人才。
预防医学：
培养具备预防医学的基本理论、基本知识和基本技能，能在卫生防疫、环境卫生或食品卫生监督等机构从事预防医学工作的专门人才。
药学：
培养具备药学学科基本理论、基本知识和实验技能，能在药品生产、检验、流通、使用和研究与开发领域从事鉴定、药物设计、一般药物制剂及临床合理用药等方面工作的高级科学技术人才。
护理学：
培养具备护理学的基本理论、基本知识和基本技能，能在护理领域内从事临床护理、预防保健、护理管理、护理教学和护理科研工作的高级专门人才。
医学影像学：
培养具备医学影像学的基本理论、基本知识和基本技能，能在医疗卫生单位从事医学影像诊断、治疗和科研工作的高级专门人才。
基础医学：
培养具备基础医学的基本理论、基本知识和基本技能，能在医疗卫生单位、医学科研等部门从事基础医学教学、科研和医疗工作的专门人才。
公共卫生与预防医学：
培养具备公共卫生与预防医学的基本理论、基本知识和基本技能，能在卫生防疫、环境卫生或食品卫生监督等机构从事预防医学工作的专门人才。
特种医学：
培养具备特种医学的基本理论、基本知识和基本技能，能在医疗卫生单位从事特种医学相关工作的专门人才。
人文医学：
培养具备人文医学的基本理论、基本知识和基本技能，能在医疗卫生单位从事人文医学相关工作的专门人才。
康复治疗学：
培养具备康复治疗学的基本理论、基本知识和基本技能，能在医疗卫生单位从事康复治疗工作的专门人才。
眼视光学：
培养具备眼视光学的基本理论、基本知识和基本技能，能在医疗卫生单位从事眼视光学工作的专门人才。
卫生检验与检疫：
培养具备卫生检验与检疫的基本理论、基本知识和基本技能，能在医疗卫生单位从事卫生检验与检疫工作的专门人才。
生物医学工程：
培养具备生物医学工程的基本理论、基本知识和基本技能，能在医疗卫生单位从事生物医学工程相关工作的专门人才。
医学信息工程：
培养具备医学信息工程的基本理论、基本知识和基本技能，能在医疗卫生单位从事医学信息工程相关工作的专门人才。
生物信息学：
培养具备生物信息学的基本理论、基本知识和基本技能，能在医疗卫生单位从事生物信息学相关工作的专门人才。
应用统计学：
培养具备应用统计学的基本理论、基本知识和基本技能，能在医疗卫生单位从事应用统计学相关工作的专门人才。
法医学：
培养具备法医学的基本理论、基本知识和基本技能，能在医疗卫生单位从事法医学相关工作的专门人才。
精神医学：
培养具备精神医学的基本理论、基本知识和基本技能，能在医疗卫生单位从事精神医学相关工作的专门人才。
智能医学工程：
培养具备智能医学工程的基本理论、基本知识和基本技能，能在医疗卫生单位从事智能医学工程相关工作的专门人才。
医疗保险：
培养具备医疗保险的基本理论、基本知识和基本技能，能在医疗卫生单位从事医疗保险相关工作的专门人才。
英语：
培养具备英语的基本理论、基本知识和基本技能，能在医疗卫生单位从事英语相关工作的专门人才。
医学影像技术：
培养具备医学影像技术的基本理论、基本知识和基本技能，能在医疗卫生单位从事医学影像技术相关工作的专门人才。
康复治疗技术